Z nádraží Bubny byly během druhé světové války vypravovány transporty s židovskými obyvateli z Prahy do ghett, koncentračních a vyhlazovacích táborů. Celkem jich přes Bubny odcestovalo téměř 50 000, vrátilo se 10 %. Po osvobození zažilo nádraží odsun pražských Němců. Kulturní česko-židovsko-německý trialog zanikl.